Деятельность Особенного Комитета распространилась и на устройство портов, и Комитет прежде всего взял на себя задачу определить, по возможности, значение каждого порта в отдельности.
Главным портом для Балтийского корабельного флота был намечен, и совершенно правильно, Ревель, в котором предполагалось оборудовать порт по образцу Тулона. Однако работы по исправлению старой гавани и сооружению новой (в расчете на 27 линейных кораблей), далеко не отвечавшие намеченной цели, велись очень медленно и закончились только в 1820 г., а предполагавшееся значение Ревеля, как главного военного порта, так и осталось за Кронштадтом.
Петербург и Кронштадт, по мысли Комитега, являлись центром балтийского судостроения, но только Петербург выполнял эту роль. Кронштадтский же порт за все царствование выстроил всего 1 корабль. Петербург в 1810 г. обогатился великолепным зданием Адмиралтейства, постройка (вернее, переделка) которого, по размерам и занимаемому им месту вполне отвечающего плану Петра Великого, началась в 1806 г. В этом здании, являющемся классическим образцом русского ампира, увенчанном воспетой Пушкиным «адмиралтейской иглой» и доставившем своему строителю, Захарову, славу русского архитектурного гения, тогда же разместились все центральные учреждения Министерства.
Надзор за портами Петербургским, Кронштадтским и Ревельским был возложен на особый, учрежденный в 1802 г., орган — Комитет для поправления портов, имевший в этих портах особые экспедиции, следившие за состоянием портов и возведением в них новых построек; деятельность Комитета распространялась и на другие порты Балтийского моря. Балтийский порт был признан неудобным по «своему уединенному положению» и как имевший открытый рейд.
Главным портом Балтийского гребного флота служил по-прежнему Роченсальм, соответственно для этого оборудованный; с 1808 г., по овладении Свеаборгом, учрежден и Свеаборгский порт — место стоянки для судов и корабельного, и гребного флотов, но оборудование этого порта было весьма недостаточным. Иногда мелкие суда оставались на зимовку и в других балтийских портах — Або (после Шведской войны), Риге и реже в Выборге, Либаве и даже Уле-аборге.
Несколько новых построек было возведено в Архангельске, главном порту Белого моря, в котором предполагалось развить преимущественно коммерческую деятельность; значение же Архангельска как военного порта определялось намеченною ему судостроительной деятельностью. Отдаленность Архангельска от Петербурга и вытекавшая отсюда трудность для высшего начальства вести действительный контроль за деятельностью этого порта создали из него один из непригляднейших очагов портовых злоупотреблений.
Черноморские порты, которых почти не коснулась деятельность Особенного Комитета, посвятившего свои труды устройству балтийских портов, до назначения в 1816 г. главным командиром Черноморского флота адмирала Грейга содержались в крайне запущенном виде. До этого времени, именно в 1812 г. (по Бухарестскому миру), в Черном море прибавился еще один порт — Измаил, база для гребной флотилии. Только с 1816 г. началось приведение портов в порядок; в этом же году был упразднен как излишний, слишком удаленный от флота, Таганрогский порт в Азовском море. Севастополь, к которому еще с 1804 г. перешло от Николаева значение главного военного порта, должен был, по плану Грейга, быть вполне надежно защищен с моря, но только часть проектов адмирала была приведена в исполнение, остальное осталось на бумаге.
Николаев к концу царствования сделался главной судостроительной базой, и Херсон окончательно потерял свое значение; этому способствовало, главным образом, углубление, при помощи паровой землечерпательной машины, фарватеров Ингульского и Очаковского, что сразу дало Николаеву громадное преимущество перед мелководным Херсоном.
В главных портах, Севастополе и Николаеве, Грейгом было очень много сделано для удовлетворения самых разнообразных материальных и духовных нужд флота: в Николаеве построены 3 корабельных и 1 мортонов эллинга185, обсерватория, архив, казармы, водопровод, Морское собрание; в Севастополе — морские батареи, казармы, офицерская библиотека и пр.
Деятельность Грейга особенно выгодно отличала черноморские порты от балтийских к концу царствования, быть может, потому, что Черноморский флот, хотя и на нем отразилось принижение морской идеи, сохранял еще свою относительную независимость от высшего петербургского морского начальства.
В Средиземном море, со времени отправления в Корфу наших морских сил в 1804 г. и до сдачи Ионических островов в 1807 г., производились работы по устройству русского адмиралтейства на острове Корфу, причем задачей адмиралтейству ставилась не только починка кораблей, но и построение новых небольших судов, а также килевание судов, перемена на них мачт и пр. Нужные для адмиралтейства материалы требовались из черноморских портов.
В Астрахани, военном порте Каспийского моря, за все царствование гак и не было сделано .никаких улучшений: после долголетней волокиты только в 1824 г. был решен вопрос о перенесении в этот порт судостроения из Казани, и в Астрахани было при-ступлено к работам по устройству адмиралтейства.
Для обслуживания казенных судов, плавающих по другому нашему озеру-морю, Байкалу, существовало небольшое адмиралтейство в Иркутске; со старого своего места, оказавшегося в черте города, оно было перенесено на более удобное — вне города, за реку Ушаковку. В Тихом океане окончательно потерял свое значение Охотск, и военным портом с 1812 г. был избран Петропавловск-на-Камчатке.